En la época incaica, la zona que hoy constituye la provincia de Rioja, estuvo habitada por dos tribus: Los Uquihuas y los Chepenes.
A fines del siglo XVI, llegó a Uquihua el Arzobispo Toribio de Mogrovejo, como uno de los primeros catequizadores católicos. Posteriormente en el siglo XVIII, con idéntica misión, llegaron el Obispo Baltasar Jaime Martínez de Compagñón, el Intendente de Trujillo don Juan José Martínez de Pinillos y el Justicia mayor don Félix de la Rosa Reátegui y Gaviria. Este último, por encargo de Martínez de Compagñón, funda el pueblo de Santo Toribio de la Nueva Rioja, el 22 de septiembre de 1782.
Rioja, tuvo una notable participación en la consolidación de la Independencia de Maynas, pues, luego de proclamarse la independencia de ésta, el 19 de agosto de 1821, un grupo de realistas rebeldes seguía perturbando la tranquilidad de muchos pueblos amazónicos; entre ellos Moyobamba, donde habían hecho su centro de operaciones.
El 4 de septiembre de 1822, las tropas patriotas, dirigidas por el Teniente Coronel Nicolás Arriola, parten de Chachapoyas con dirección a Moyobamba. A su paso por Rioja, libran tres batallas: Batalla de la Ventana, de Tambo del Visitador y de Rioja. Vencedores los patriotas avanzan, con el apoyo de muchos riojanos, hacia el pueblo de La Habana, donde se libra la Batalla de La Habana; con la cual se logra vencer definitivamente a los españoles, proclamándose la independencia de Maynas el 25 de Septiembre de 1822.
Por Ley Nº 8142 del año 1935, se crea la Provincia de Rioja, contando en aquel entonces sólo con 4 distritos: Rioja, Pósic, Yorongos y Yuracyacu. Posteriormente tras la apertura de la Carretera Marginal, se forman nuevas poblaciones, creándose entonces cinco distritos más: Pardo Miguel, Nueva Cajamarca, Elías Soplín Vargas, San Fernando y Awajún; determinando así su actual distribución política.
Datos geográficos:
UBICACIÓN.- La ciudad de Rioja, está ubicada en el valle del Alto Mayo, al norte del departamento de San Martín. Está a 77°08’30” de Longitud Oeste y 06º03’00” de Latitud Sur.
EXTENSIÓN.- Provincial: 2535.04 Km2. Distrital: 185.69 Km2
ALTITUD.- Tiene una altitud de 848 m.s.n.m., sus partes montañosas se elevan sobre los 1,000 mts.
CLIMATOLOGIA.- El clima puede clasificarse como sub-tropical, semi-húmedo. La temperatura anual promedio es de 22.5°C., registrando variantes comprendidas entre 16.5°C. y 28.4ºC.
Vias de comunicacíon:
Rioja, está comunicada con el resto del país mediante vía terrestre y aérea.
Por vía terrestre.- Mediante la Carretera Marginal de la Selva. Existe servicio diario de ómnibus, colectivos, microbuses y camiones a la sierra, costa y principales ciudades del departamento.
Por vía aérea.- Rioja cuenta con un aeropuerto (otrora, uno de los más importantes de San Martín) que actualmente, por ciertas restricciones, no está permitiendo el aterrizaje regular de aviones comerciales de carga y pasajeros.
Por vía fluvial.- Esta vía es utilizada a través de los ríos Mayo, Tónchima y Negro, por pequeñas embarcaciones (bote a motor, canoas y balsas).
